Category: Uncategorized
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초등책상 니스툴그로우 책상 구매 후기
거실 식탁에서 공부하다가 이제는 책상이 필요할 것 같아 책상을 알아봤다. 높이 조절 책상을 필요로 하는 이유 중 하나는 책상 사서 금방 버릴 것이 아니기 때문에 특히 중학교까지는 계속해서 키 높이에 맞춰서 바꿔주는게 필요할 것 같았다. 각도 조절은 책 볼 때, 만들기 할 때, 공부 할 때 모두 다른 각도로 보는 게 필요하고 내가 노트북을 해도 […]
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Raspberry PI Desktop Environment 변경
Open terminal, type: sudo update-alternatives –config x-session-manager Type the number of the desired GUI and press “Enter” (a numbered list of the installed interfaces will appear) reboot. Your pi should boot on the selected GUI for now on! startxlxde-pi (기본): 뭔가 System UI 가 자꾸 에러가 나서… 변경 Gnome: 실행 실패 xfce4-session: 잘 연결됨
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inspyred library, collections 에
Model fitting 하기 위해 evolutionary algorithm 을 사용해야하는 상황이 있어서 오랜만에 inspyred를 다시 세팅했는데, 아래 에러가 난다. attribute error: module ‘collections’ has no attribute ‘iterator’ 이 문제는 python 버젼 3.10 부터 collections 밑에 iterator가 바로 있는 것이 아니라 collections.abc 밑으로 들어갔기 떄문에 발생한다. 가장 좋은 방법은 라이브러리가 업데이트 되는 건데.. 업데이트가 일단 안되고 있는 오래된 […]
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병렬화 관련 메모리 문제
NEURON + NetPyNE 로 병렬화가 매우 쉽게 처리가 되어서, Large-Scale로 쉽게 확장했다.그런데, 시뮬레이션이 돌아가는건 괜찮은데 시뮬레이션 이후 Gather 과정에서 문제가 발생한다. [comet-20-53:27930] *** Process received signal *** [comet-20-53:27930] Signal: Aborted (6) [comet-20-53:27930] Signal code: (-6) [comet-20-53:27930] [ 0] /lib64/libpthread.so.0[0x3aa140f7e0] [comet-20-53:27930] [ 1] /lib64/libc.so.6(gsignal+0x35)[0x3aa0832495] [comet-20-53:27930] [ 2] /lib64/libc.so.6(abort+0x175)[0x3aa0833c75] [comet-20-53:27930] [ 3] /opt/gnu/gcc/lib64/libstdc++.so.6(_ZN9__gnu_cxx27__verbose_terminate_handlerEv+0x15d)[0x2b1e0b64c07d] [comet-20-53:27930] [ 4] /opt/gnu/gcc/lib64/libstdc++.so.6(+0x5e0e6)[0x2b1e0b64a0e6] […]
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NEURON / NetPyNE Multithreaded parallelization 관련
NEURON 혹은 NetPyNE (NEURON의 Wrapper) 에서는 Thread를 이용해 병렬화를 할 수 있다. GPU 기반에 비하면 매우 열악하긴 하지만, 아마 ODE 문제 때문에 쉽게 GPU로 전환되지 못하는 것 같고, 일부 Computation 만 GPU로 올려서 처리하는 형태로 접근하고 있는 것 같다. (CoreNEURON프로젝트: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fninf.2019.00063/full) 2022년에는 NeuroGPU라고 해서 NEURON modeling을 GPU Hardware에서 돌릴 수 있게 하는 Wrapper 가 J […]
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VS Code Python 코드 접기
VS Code 에서 Python 코드를 기본적으로는 Block 단위로 접을 수 있게 되어있다. 찾아보니 Custom 하게 접을 수 있는 방법이 있다. #region #endregion 으로 적어주면 코드를 일종의 그룹으로 만들어줄 수 있어 해당 코드들이 접히고 펼쳐질 수 있게 된다.
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VS Code에서 Neuron 실행 Task
우분투 기준임. { // See https://go.microsoft.com/fwlink/?LinkId=733558 // for the documentation about the tasks.json format “version”: “2.0.0”, “tasks”: [ { “label”: “Compile NEURON”, “type”:”shell”, “command”: “rm -rf ./x86_64; cd ./mods; nrnivmodl; mv -f ./x86_64 ../x86_64”, “presentation”: { “echo”: true, “reveal”: “always”, “focus”: false, “panel”: “shared”, “showReuseMessage”: false, “clear”: false } }, { “label”: “Run NEURON”, “type”: “shell”, “command”: “nrniv ${file}”, “presentation”: { “echo”: true, “reveal”: “always”, “focus”: false, “panel”: “shared”, “showReuseMessage”: false, “clear”: false } }, { “label”: “Compile & Run NEURON”, “dependsOrder”:”sequence”, “dependsOn”:[“Compile NEURON”,”Run NEURON”] } ] }
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VS Code 원격 개발
외부에 있는 Workstation을 이용해 개발할 필요가 생겼다.매번 mobaxterm 을 쓰는 것도 귀찮고, MATLAB 과 같은 GUI가 잘 되는 툴은 X11로 포워딩 받아도 나름 깔끔한데, 파이썬은 좀 불편하다. 또 지난번처럼 랜섬 걸릴까봐 네트워크 드라이브 연결도 못하겠고… (이렇게 쓰면 참 편했는데 아쉽다..) 해서 로컬의 VS Code에서 원격의 파일 관리, 원격 실행까지 세팅해본다. VS Code에서 필요한 Extension은 Remote […]
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Synology python3 pyCurl 설치 실패기
만들려고 하는 프로그램이 pyCurl을 필요로 하는데, pip로 설치하려고 하다보니 시놀로지에서는 아래 메세지를 뱉는다. FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: ‘curl-config’ Entware 를 깔고 python3-openssl 을 깔아줬더니 메세지가 변했다. sudo opkg install python3-openssl ModuleNotFoundError: No module named ‘setuptools’ setuptools 를 깔자 sudo opkg install python3-setuptools 뭐지. 다시 curl-config를 찾을 수 없다는 걸로 바뀌었다. 그런데 […]
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오랜만의 포스팅이네요. 일에 밀려 독일 여행 갔다온 것도 결국엔 정리를 다 못했는데 얼마전에 이태리도 다녀왔는데 정리를 못했어요. 긴 연휴를 맞이하여 다시 마음을 추스리는 느낌으로 간단한 포스팅부터 다시 해봅니다. 5월 6일 어제 바로 다녀온 따끈따끈한 카페에요. 원래는 출근하는 날로 얘기가 됐다가 급 쉬는 걸로 되서 별다른 연휴 계획을 못 세웠어요. 그래서 춘천으로 바람쐴겸 닭갈비 먹으러 가려다가 […]