다른 이를 위한 작은 발자취
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[VSCode] Magic Line 스크립트로 실행
VS Code로 Cell 단위로 실행할 때도 있고 전체 스크립트로 실행할 때도 있는데, 항상 문제가 되는게 매직라인이다. VS Code에서 error 로 표기하는 것도 마음에 안들고 실행할 때마다 주석처리했다가 말았다가 하는 것도 귀찮았는데.. 다음의 방법으로 코드화가 가능하다. 일반(바닐라) Python에서는 get_ipython()은 None을 리턴하기 때문에 해당 코드는 AttributeError가 발생한다. 그래서 조금 수정을 해보자면, 아래처럼 처리가 가능하
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초등책상 니스툴그로우 책상 구매 후기
거실 식탁에서 공부하다가 이제는 책상이 필요할 것 같아 책상을 알아봤다. 높이 조절 책상을 필요로 하는 이유 중 하나는 책상 사서 금방 버릴 것이 아니기 때문에 특히 중학교까지는 계속해서 키 높이에 맞춰서 바꿔주는게 필요할 것 같았다. 각도 조절은 책 볼 때, 만들기 할 때, 공부 할 때 모두 다른 각도로 보는 게 필요하고 내가 노트북을 해도 […]
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Nvidia Driver 재설치 중 모듈 문제
nvidia_drm, nvidia_uvm in use 등에 대한 오류 해결 방법 위 코드를 사용해서 nvidia 관련되서 실행되고 있는 모듈 확인 후아래 nvidia_drm, nvidia_uvm 등등 제거
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Docker에서 GPU 에러 해결
docker: Error response from daemon: could not select device driver “” with capabilities: [[gpu]]. nvidia-container-toolkit 설치 docker service 재시작 후 체크
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Raspberry PI Desktop Environment 변경
Open terminal, type: sudo update-alternatives –config x-session-manager Type the number of the desired GUI and press “Enter” (a numbered list of the installed interfaces will appear) reboot. Your pi should boot on the selected GUI for now on! startxlxde-pi (기본): 뭔가 System UI 가 자꾸 에러가 나서… 변경 Gnome: 실행 실패 xfce4-session: 잘 연결됨
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inspyred library, collections 에
Model fitting 하기 위해 evolutionary algorithm 을 사용해야하는 상황이 있어서 오랜만에 inspyred를 다시 세팅했는데, 아래 에러가 난다. attribute error: module ‘collections’ has no attribute ‘iterator’ 이 문제는 python 버젼 3.10 부터 collections 밑에 iterator가 바로 있는 것이 아니라 collections.abc 밑으로 들어갔기 떄문에 발생한다. 가장 좋은 방법은 라이브러리가 업데이트 되는 건데.. 업데이트가 일단 안되고 있는 오래된 […]
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Deep Lab Cut 세팅 관련
Done in miniconda Smoke tests: returns tensor; recognizes GPU; environment ready;
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병렬화 관련 메모리 문제
NEURON + NetPyNE 로 병렬화가 매우 쉽게 처리가 되어서, Large-Scale로 쉽게 확장했다.그런데, 시뮬레이션이 돌아가는건 괜찮은데 시뮬레이션 이후 Gather 과정에서 문제가 발생한다. [comet-20-53:27930] *** Process received signal *** [comet-20-53:27930] Signal: Aborted (6) [comet-20-53:27930] Signal code: (-6) [comet-20-53:27930] [ 0] /lib64/libpthread.so.0[0x3aa140f7e0] [comet-20-53:27930] [ 1] /lib64/libc.so.6(gsignal+0x35)[0x3aa0832495] [comet-20-53:27930] [ 2] /lib64/libc.so.6(abort+0x175)[0x3aa0833c75] [comet-20-53:27930] [ 3] /opt/gnu/gcc/lib64/libstdc++.so.6(_ZN9__gnu_cxx27__verbose_terminate_handlerEv+0x15d)[0x2b1e0b64c07d] [comet-20-53:27930] [ 4] /opt/gnu/gcc/lib64/libstdc++.so.6(+0x5e0e6)[0x2b1e0b64a0e6] […]
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NEURON / NetPyNE Multithreaded parallelization 관련
NEURON 혹은 NetPyNE (NEURON의 Wrapper) 에서는 Thread를 이용해 병렬화를 할 수 있다. GPU 기반에 비하면 매우 열악하긴 하지만, 아마 ODE 문제 때문에 쉽게 GPU로 전환되지 못하는 것 같고, 일부 Computation 만 GPU로 올려서 처리하는 형태로 접근하고 있는 것 같다. (CoreNEURON프로젝트: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fninf.2019.00063/full) 2022년에는 NeuroGPU라고 해서 NEURON modeling을 GPU Hardware에서 돌릴 수 있게 하는 Wrapper 가 J […]
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VS Code Python 코드 접기
VS Code 에서 Python 코드를 기본적으로는 Block 단위로 접을 수 있게 되어있다. 찾아보니 Custom 하게 접을 수 있는 방법이 있다. #region #endregion 으로 적어주면 코드를 일종의 그룹으로 만들어줄 수 있어 해당 코드들이 접히고 펼쳐질 수 있게 된다.